目前，基础医学研究所大型仪器室配备有四台大型高端精密仪器：BD FACSCalibur流式细胞仪、Nikon C1Si激光扫描共聚焦显微镜、Nikon Ti-U倒置荧光显微镜，Motic BA410E EF-UPR正置荧光显微镜。

四台大型高端精密仪器简介：

流式细胞仪检测技术（Flow cytometry，FCM，FACS）已经广泛使用在基础研究和临床实践的各个方面，在细胞生物学、肿瘤学、血液学、免疫学、药理学、遗传学及临床检验学等领域内发挥着重要作用。目前，我所可开展细胞周期和DNA倍体分析、细胞凋亡、淋巴细胞亚群分析等多项指标检测。

激光扫描共聚焦显微镜（Confocal laser scanning microscope，CLSM)是近代最先进的细胞生物医学分析仪器之一。它是在荧光显微镜成像的基础上加装激光扫描装置，使用紫外光或可见光激光荧光探针，利用计算机进行图像处理，不仅可观察固定的细胞、组织切片，还可对活细胞的结构、分子、离子进行实时动态地观察和检测。目前，激光扫描共聚焦显微技术已用于细胞形态定位、立体结构重组、动态变化过程等研究，并提供定量荧光测定、定量图像分析等实用研究手段，结合其他相关生物技术，在形态学、生理学、免疫学、遗传学等分子细胞生物学领域得到广泛应用。        

倒置荧光显微镜（Fluorescent inverted microscope）、正置荧光显微镜（Fluorescent  positive microscope）、是近代发展起来的新式荧光显微镜，由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，倒置主要用于细胞等活体组织的荧光、相差观察，正置主要用于组织标本观察。